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  small RNA/miRNA/ncRNA测序

Small RNA包含miRNA(microRNA)、ncRNA(non-coding RNA)、siRNA(small interfering RNA)、  snoRNA(small nucleolar RNA)、piRNA(piwi-interacting RNA)、rasiRNA (Repeat associated small interfering RNA)等 等。高通量测序技术在Small RNA研究中的应用包括:靶基因功能研究,生命活动调节,发育进化研究,生物Marker, 致病机理研究,药物开发等 。

miRNA(microRNA)是一类内生的、长度约20 - 24个核苷酸的小RNA,是发夹结构的约70 - 90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成。其在细胞内具有多种重要的调节作用。每个miRNA可以有多个靶基因,而几个miRNAs也可以调节同一个基因。这种复杂的调节网络既可以通过一个miRNA来调控多个基因的表达, 也可以通过几个miRNAs的组合来精细调控某个基因的表达。

流程

 

分析内容
  1. 数据质控和预处理
  2. 数据分类,比较基因组资料将数据分为rRNA、tRNA、mRNA、scaRNA、miRNA
  3. 预测新的small RNA
  4. 差异表达分析和small RNA表达谱构建,对差异基因进行GO功能注释、功能富集分析和聚类分析。
  5. 靶基因预测
  6. miRNA调控网络构建

参考文献

  1. Discrete small RNA-generating loci as master regulators of transposon activity in Drosophila. Cell,2007,128(6):1089-1103.
  2. MicroRNAs:target recognition and regulatory functions.Cell,2009,136(2):215-233.
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