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数据非依赖采集DIA

在蛋白质组学研究领域,基于液相色谱-质谱联用(LC-MS/MS)技术的发现蛋白质组学可在生物样本中检测和相对定量上千个蛋白,在过去十几二十年中已得到广泛的应用,并且发展出了标记定量(iTRAQ/TMT、SILAC)和非标记定量(label free)两种主流方法,这些方法都是基于数据依赖采集模式(data-dependent acquisition, DDA)来采集蛋白质谱数据的,该方法也称为“鸟枪法(shotgun)。不同于传统的DDA技术,DIA(Data-independent Acquisition,数据非依赖采集)技术将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口,高速、循环的对每个窗口中的所有离子进行选择、碎裂、检测,因此可以无遗漏地获得样本中所有离子的全部碎片信息,数据利用度大大提高,缺失值更少。

DIA具有以下特点:
  1. 无歧视地获得所有肽段的信息,不会造成低丰度蛋白信息的丢失;
  2. 循环时间固定,扫描点数均匀,定量准确度高
  3. 肽段的选择没有随机性,数据可以回溯,对于复杂蛋白样本,特别是低丰度蛋 白具有更优异的重现性。
与传统质谱定量“金标准”选择反应监测 / 多反应监测(SRM/MRM)相比,DIA具有以下特点:
  1. 无需提前指定目标 肽段,适用于未知蛋白分析;
  2. 无需优化方法,获得数据后再基于谱图库实现定性确证和定量离子筛选;
  3. 通量无上限,适合大 规模蛋白定量分析。
数据非依赖采集(DIA):
  1. 采集所有离子及碎片谱图,不丢失任何信息,重现性好;
  2. 数据易于追溯,即使目前的水平无法发现某些蛋白/ 化合物,未来可以回溯;
  3. 无需优化方法,对于易降解样品可以即刻采集,获得数据后再深入挖掘;
  4. 基于碎片离子(即母子离子对)定量,选择性好,与 SRM/MRM 相当;
  5. 循环时间固定,扫描点数均匀,定量准确度高;
  6. 通量无上限,同时监测所有目标蛋白/ 化合物;
  7. 相同肽段不同翻译后修饰位点的定量区分与辨别。