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  代谢组学服务

 

细胞中许多生命活动是发生在代谢层面的,细胞信号释放,能量传递,细胞间通信等都是受代谢物调控的。

代谢组学(Metabolomics/Metabonomics)通过考察生物体系(细胞、组织 或生物体)受刺激或扰动后(如将某个特定的基因变异或环境变化后),其代谢产物的变化或其随时间的变化,来研究生物体系的一门科学。

代谢组(Metabolome)指一个细胞、组织或器官中所有代谢组分的集合,尤其指分子质量为1,000以下的小分子物质。如:氨基酸、肽、碳水化合物、脂类、核酸 ……

相比基因组和蛋白组的研究,代谢组学研究具有独特的应用优势:

经过近20年的发展,代谢组学的研究技术手段逐步成熟。目前质谱技术:气质联用技术(GC-MS)和液质联用技术(LC-MS),已逐步取代核磁技术(NMR),成为代谢组学研究的主流技术。GC-MS和LC-MS在其所检测的代谢物谱上各有偏向性(如下图),一般情况两种技术联合使用是常规全谱代谢组分析的主要实验策略。

样品要求

样本重复性:代谢组的差异变化是基因组变化放大效应的呈现,不同个体中代谢物的波动性也就较大。另一方面,代谢组学的差异分析一般是基于PCA和PLS-DA等多元统计分析方法进行的,只有较大的样本量抽提出的主成分才具有群体代表性。因此,相对于基因组学等技术方法,代谢组学要求样品的生物学重复要更多。

  1. 临床标本大于30例
  2. 模式动物样品大于10例
  3. 植物微生物样品每组大于8例
  4. 细胞样品大于6例

样本量:

  1. 血液样本(不少于100uL/例):
    • 血清(100uL):抽取新鲜血液置1.5mL 离心管(不放置任何抗凝剂及促凝剂), 4℃静置50min ,3500rpm、4℃,离心10 分钟,待血细胞完全沉降后,吸取上 层血清,置-80℃保存。
    • 全血(100uL/例):抽取新鲜血液置1.5mL 离心管(均匀涂抹肝素钠,建议慎 用柠檬酸钠及EDTA),置-80℃保存。
  2. 尿液样本(不少于200uL/例):
    收集尿液(严禁加入叠氮钠等抑菌剂以免对质谱测试产生干扰)置离心管中, 10000rpm、4℃,离心10 分钟,取上清液,置-80℃保存。建议在送样代谢组学 检测同时进行尿肌酐的检测。
  3. 其它体液样本(不少于500uL/例):
    收集过程尽量不添加其它试剂,收集至离心管后液氮速冻,置-80℃保存。
  4. 细胞样本(每皿细胞量不少于1.5E7)
    • 贴壁细胞(每皿细胞量不少于1.5E7):处理前将每皿细胞计数,弃去培养皿 中的培养液,每皿加入10ml 去离子水洗去培养基,震摇2s(不要过于激烈,防 止细胞破裂),加入15ml 的液氮淬灭(2mins),加入1.5ml,-80℃预冰的甲醇, 用刮刀刮下贴壁的细胞,将混悬液完整转移至1.5ml 的离心管中,4 °C,13000rpm 离心10min,取固定体积上清液(每皿取等量体积,尽量多取,比如0.8mL), 置1.5mL 离心管中,置-80℃保存。同时,将细胞碎片称重予以记录。
    • 细胞培养液(2mL/例):将每皿待测细胞培养液吸取固定体积,置2mL 离心管, 10000rpm、4℃,离心10 分钟,取上清液,-80℃保存。
  5. 粪便样本(2g/例):
    从粪便的不同部位挑取3 个点,称重,置离心管中(严禁加入叠氮钠等抑菌剂以 免对质谱测试产生干扰),-80℃保存。
  6. 组织样本(50mg/例):
    • 动物组织样本:全程冰上操作,尽量减少操作时间。去除血液(心、肝、肾、 肺可行心脏灌流,其他组织可用预冷PBS 淋洗数次)干扰,置液氮速冻,-80℃ 保存。
    • 人组织样本及肿瘤样本:尽量减少操作时间。去除血液(预冷PBS 淋洗数次) 干扰,置液氮速冻,-80℃保存。
  7. 微生物及菌类样本:
    收集10^7 个/例细菌或500mg/例菌丝于离心管内,若菌丝无法判断具体量,可 以黄豆粒大小为标准,迅速液氮速冻,-80℃保存。
  8. 植物样本(500mg/例):
    建议粉碎后称重,液氮速冻,-80℃保存。也可寄送未粉碎样品。

服务流程

 

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