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  差异基因或蛋白的圈图绘制

在组学研究的文章中,重要的差异表达基因或蛋白除了用表格的形式展示之外,常常还会用热图形式进行展示。热图的优势是可以直观的表示差异表达基因或蛋白在不同样本的表达情况,并可选择不同的算法进行聚类。有很多可免费下载的软件能够进行热图绘制,比如Mev, cluster3.0+treeview, HemI, R的heatmap、heatmap.2函数和pheatmap等,主流软件的使用方法在我们上海生咨生物举办的蛋白质组学研习班我们有详细介绍。

用circos进行绘制, 并且将比值信息也用热图绘制在圈图中。圈图的优势在于在周长相同的情况下面积最小,也就说能在同等面程的情况下显示更多基因信息。以下是用测试数据绘制的示例图:

示例图1.Gene Name在最外面一圈,往里是六次重复实验经过log2变换后的比值,再往里的线图是经过log2变换后的平均比值。这里没有将p-value信息体现在图中,如果需要也可以用单色heatmap track呈现。下面的legend是用Perl生成svg格式的legend图。

 

示例图2.将line plot区间减少了,在中间留了点空间,以便在中间加一些文字。

 

 

示例图3.蛋白质相互作用的关系画在图中.

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