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  COG功能分类

“COG”是Cluster of Orthologous Groups of proteins.构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,并且因此或者是orthologs或者是paralogs。Orthologs是指来自于不同物种的由垂直家系(物种形成)进化而来的蛋白,并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能。Paralogs是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白,可能会进化出新的与原来有关的功能。

我们开发了一套程序名为COGPipeline, 可以调动NCBI blast+将核酸序列和蛋白序列对COG库进行序列相似性比较,提取COG注释,并调用R进行统计绘图。

COG分析结果:示例

 

blast注释结果表(Excel文件)


多个表放在一个excel文件中

blast重要参数分布

Identity的分布图 Score的分布图

COG功能统计图


每个英文大写字母代表一种COG功能,柱状图中的数字是基因或蛋白的数目

 

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